●少先队工作委员会在团中央新班子眼中也属于要裁撤的对象，打算将这一部分业务并入学校部。但是没有想到不少干部提出强烈的质疑和反对，他们认为，一合并只能是变相取消这项“在新时期十分重要”的工作
胡锦涛上任之初，书记处各成员坐定席位了，按照惯例是要从上而下地确定各层干部是升，是降；对于团中央这么个年龄限制更严、过渡性质更强的机构，许多人还面临抉择：是去，是留。与人事更迭相联系的，还有一个机构部门的裁撤合并问题。
中共治下有一个常见的规律：每隔一段时间人们惊觉机构重迭，精兵简政的呼声日益强烈；动一次手术，合并一些部门，减少一些人员；过一段时间，又慢慢恢复一些机构，或者再重新建立一些部门。王兆国在团代会举行之前，由于上任之前中央的指示，已有了裁撤团中央部门的腹案，新的班子建立之后，再斟酌一番就要付诸实施。原来的青工部、青农部，并成了工农青年部；原来的文体部，并入了宣传部成为一个处。原来的少工委也属于要裁撤的目标，打算将这一部分业务并入学校部。
团中央是个比较特殊的机关，其特殊，缘于前面提到的团组织的两重性，对外要维持共青团作为“青年群众组织”的形象，在内部则是不折不扣的党的青年工作部门。于是便出现这样奇特的机构设置方式：中华全国学生联合会（全国学联），
对外是与团中央并列的机构，内部只是团中央学校部之下的大学处；中华全国青年联合会（全国青联），对外，在名义上凌驾于团中央之上——按其章程，是共青团“加入”青联，成为其“团体会员”；内部来看，它只是归团中央管辖的统战部，
统战部的部长，兼任全国青联的秘书长，负责实际操作。
所以，在理论上，少工委的机构设置问题，也可以比照上述两个机构来办理，即：对外名义上是“独立的机构”，内部归并到团中央学校部成为其下属的一个处。
但是没有想到少工委和下面从事少先队工作的干部，提出了强烈的质疑和反对。他们的主要理由是，少年儿童工作与团中央学校部的工作对象、性质、任务非常不一样，一合并只能是变相取消这项“在新时期十分重要”的工作。
他们的反对，或许有保住自己既得利益的考虑，但是其理由摆在桌面上，也还是相当有理有据。在团的十一大上，少工委副主任李启民不仅找到王兆国、高占祥，以及说得上话的前团中央诸多同事、上司，而且找到会议简报处的工作人员，要求将这一要求写进内参，送到党中央有关部门重新考虑。
甫上任的胡锦涛，也接待了并倾听了李副主任的几次申诉。后来在广州召开的全国儿童工作会议上，他又听取很多老儿童工作者的意见。几经研究，四面八方要求团中央慎重处理撤销少工委之事的大有人在，最后团中央书记处打消了原来的念头，将少工委还是作为团中央一个相当于部的部门保留了下来。
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