一九四九年三月五日，毛在“第七届中央委员会第二次全体会议”上的报告中指出：“有意地保存一部份国民党军队，让它原封不动，或者大体上不动……这是又一种斗争方式。但是这种反革命遗迹和反革命政治影响，归根到底要被肃清……他们中的许多人将被改造，他们中的一部份人将被淘汰，某些坚决反革命份子将受到镇压”。 五十天后，毛签署了〈中国人民解放军布告〉，对国民政府党政军人员作了“准予量才录用，不使流离失所”的承诺，然又加上“无严重的反动行为或严重的劣迹”的但书，至于“反动行为”“严重劣迹”的定义如何，则由中共当局主观界定，径由各级军管会或军事法庭一审判决执行，并无独立机构监察制衡。两个月后毛为纪念中共成立廿八周年，写了〈论人民民主专政〉一文，宣称要“向着帝国主义的走狗即地主阶级和官僚资产阶级以及代表这些阶级的国民党反动派及其帮凶们实行专政，实行独裁”，这就为此后大规模的屠杀异己埋下了伏笔。一九五零年，根据毛的建议，中共中央专门召开会议讨论了杀人的比例问题:“决定按人口千分之一的比例，先杀此数的一半，看情形再作决定”。毛明确要求有600万人口的上海应该杀3000人，有50万人口的南京应该杀不止两百多人，应该多杀。上有好之，下必甚焉。虽然中央下达的杀人比例是千分之0.5到千分之一，但下面的执行者显然从中读出了多杀人的信号，很多地方鼓足干劲，力争超额完成指标。大杀国民党军政人员，就是完成指标的之一。
柏林自由大学教授郭廷钰在其《中国现代史》中指出“国军被害者约三百万人，国民党遗留在大陆的党员被害者约一百四十万人”。法国外交官杰奎斯?圭拉麦将军估计，从一九五一年二月至一九五二年五月间，至少有三百万人被杀害。据一九六九年四月七日莫斯科电台广播，一九四九年至一九五二年有二百八十万人被毛处死；
一九五三年至一九五七年有三百五十万人被杀。在一个月内处死的最高数字则是北京中央人民广播电台透露的：皖浙苏鲁四省一个月之内死了一百一十七万六千人；在华中和华南，一个月内则死了一百五十万人。内务部长薄一波在镇反报告中提及：“为了永久的和平，为了人民民主，在过去三年半(一九四九——一九五二)，我们清算了二百多万土匪”。一九九九年九月，总政治部直属的解放军出版社推出《新中国剿匪纪实丛书》，洋洋洒洒六钜册二百廿万言。其作者根据中央及各省市自治区档案馆、各大军区政治部、各省委党史研究室、各省市地方志办公室、军事科学院资料室、军事博物馆资料室、全国政协文史办以及解放军档案馆所存档案，披露五十年代初期在华东、中南、西南、华北、东北、西北地区分别歼“匪”(按：成王败寇的定律，便把国军留在大陆的残部、保安部队以及敌后游击队统统视为“土匪”而以大部队围歼之)四十一万六千、一百十五万、八十五万、两万九千、七万九千、六万人，合计二百五十八万四千人。考虑到东北、华北陷共较早，武装相对较弱，且统计数字截止期是一九四七年五月与一九四九年五月；而中南、西南陷共较迟，国民党在南方有较周详的布建，且统计截止期为一九五二年六月与一九五○年二月(华东为一九五二年八月，西北一九五○年一月)，所以南方殉难人数数十倍于北方。再者，“歼灭”这个含糊性的动词，泛指的总数，在战犯监狱与遣送回籍监督劳动的国军被俘官兵无可避免历届运动的残酷折磨，死得更惨。所以，公布的歼“匪”二百五十八万四千人，其中绝大多数可归入非正常死亡的类别，这同薄一波所宣布的“清算二百多万土匪”已经比较接近了。同薄一波所承认的数字大体吻合。
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